A la fin de la première série Naruto, le jeune garçon quittait son village natal pour pousuivre son entrainement avec Jiraiya, l'ermite pervers.
La next-gen débute avec son retour à Konoha, deux ans et demi après. On retrouve un Naruto plus grand et plus mûre (...enfin presque...) ayant un nouveau style, et surtout de nouvelles techniques.